hpcman queue stat
The hpcman queue stat command allows you to monitor your jobs in all queuing
systems.
Tip
Use hqstat as an alias for hpcman queue stat so you don't have to type so much!
Examples
Check your current running jobs:
$ hpcman queue stat
Job Status
┏━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━┓
┃ type ┃ state ┃ runid ┃ runname ┃ user ┃ code ┃ time ┃ queue@host ┃ cpus ┃ task ┃ jobtype ┃
┡━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━┩
│ SGE │ running │ 159063 │ QRLOGIN │ davised │ r │ 2023-04-11T02… │ fast@chrom1 │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 159064 │ sge.blast_ch… │ davised │ r │ 2023-04-11T03… │ fast@chrom1 │ 2 │ 84 │ array │
│ SGE │ pending │ 159068 │ sge.copy_res… │ davised │ hqw │ 2023-04-11T03… │ │ 1 │ │ batch │
└──────┴─────────┴────────┴───────────────┴─────────┴──────┴────────────────┴─────────────┴──────┴──────┴─────────┘
Check all currently running jobs:
$ hpcman queue stat -u '*'
Job Status
┏━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━┓
┃ type ┃ state ┃ runid ┃ runname ┃ user ┃ code ┃ time ┃ queue@host ┃ cpus ┃ task ┃ jobtype ┃
┡━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━┩
│ SGE │ running │ 35693 │ mt_cytb │ fitzpacr │ r │ 2022-11-30… │ harold@haro… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 96378 │ HC_4665 │ viningk │ r │ 2023-02-01… │ all.q@chrom… │ 1 │ 7 │ array │
│ SGE │ running │ 102435 │ pheniqs_sh… │ echeverd │ r │ 2023-02-06… │ all.q@chrom… │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 116494 │ tRNA_no_th… │ lasherb │ r │ 2023-02-13… │ nucleotide@… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 116495 │ Riboswitch… │ lasherb │ r │ 2023-02-13… │ nucleotide@… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 116497 │ snoRNA_no_… │ lasherb │ r │ 2023-02-13… │ nucleotide@… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 116499 │ miRNA_no_t… │ lasherb │ r │ 2023-02-13… │ nucleotide@… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 121413 │ dnov_0 │ stairsb │ dt │ 2023-04-11… │ bpp@selway │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 140698 │ GWASvcf20 │ tompennanc │ r │ 2023-03-15… │ beagle@beag… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 146792 │ tarlog │ spatafoj │ r │ 2023-03-28… │ bpp@symbios… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 147391 │ j2023-03-2… │ alamabeg │ r │ 2023-03-29… │ micro@micro… │ 4 │ 1 │ array │
│ SGE │ running │ 148300 │ QRLOGIN │ arnoldho │ r │ 2023-03-30… │ darwin@olym… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 149788 │ QRLOGIN │ arnoldho │ r │ 2023-04-03… │ darwin@darw… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 150028 │ sge_patoffs │ appiahkr │ r │ 2023-04-03… │ nucleotide@… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 150120 │ orthofinder │ shanmuse │ r │ 2023-04-04… │ roots@roots1 │ 12 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 150517 │ maker10_run │ decastrc │ r │ 2023-04-04… │ all.q@chrom… │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 150520 │ maker7_run │ decastrc │ r │ 2023-04-04… │ all.q@chrom… │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 154523 │ fb0 │ knausb │ r │ 2023-04-05… │ hoser@hoser │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 157205 │ QRLOGIN │ talbots │ r │ 2023-04-06… │ hoser@hoser │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 157518 │ fb0 │ knausb │ r │ 2023-04-06… │ hoser@hoser │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 157547 │ sge_quast_… │ appiahkr │ r │ 2023-04-06… │ nucleotide@… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 157683 │ dnov_0 │ stairsb │ r │ 2023-04-07… │ selway@selw… │ 20 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 157732 │ QRLOGIN │ hushen │ r │ 2023-04-07… │ roots@roots1 │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 157848 │ edta_run │ decastrc │ r │ 2023-04-08… │ brunharo@br… │ 46 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158300 │ QRLOGIN │ carrells │ r │ 2023-04-08… │ biomed@ruby │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158653 │ grepGWAS17… │ tennessj │ r │ 2023-04-09… │ all.q@chrom… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158668 │ optimize2_… │ decastrc │ r │ 2023-04-10… │ all.q@chrom… │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158670 │ busco_run │ decastrc │ r │ 2023-04-10… │ all.q@chrom… │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158815 │ QRLOGIN │ hessec │ r │ 2023-04-10… │ nem@nem0 │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158824 │ QRLOGIN │ elserj │ r │ 2023-04-10… │ bpp@anduin │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158829 │ grepGWAS17… │ tennessj │ r │ 2023-04-10… │ all.q@chrom… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158861 │ grepGWAS17… │ tennessj │ r │ 2023-04-10… │ all.q@chrom… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158862 │ grepGWAS17… │ tennessj │ r │ 2023-04-10… │ all.q@chrom… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158871 │ cerebro_Sl… │ longwayl │ r │ 2023-04-10… │ bpp@cerebro │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158872 │ symbiosis_… │ longwayl │ r │ 2023-04-10… │ bpp@symbios… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158905 │ QRLOGIN │ alcalabr │ r │ 2023-04-10… │ bpp@anduin │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 159019 │ QRLOGIN │ weisbeal │ r │ 2023-04-10… │ changall1@g… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 159060 │ QRLOGIN │ valejose │ r │ 2023-04-11… │ cascade@cas… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 159063 │ QRLOGIN │ davised │ r │ 2023-04-11… │ fast@chrom1 │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 159064 │ sge.blast_… │ davised │ r │ 2023-04-11… │ fast@chrom1 │ 2 │ 84 │ array │
│ SGE │ pending │ 9907920 │ ucd │ padiadpj │ qw │ 2022-01-13… │ │ 24 │ │ batch │
│ SGE │ pending │ 75673 │ sge.faster… │ fliegh │ qw │ 2023-01-10… │ │ 6 │ │ batch │
│ SGE │ pending │ 137025 │ assembly.o… │ syringk │ Eqw │ 2023-03-08… │ │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ pending │ 158987 │ cedro_Slow… │ longwayl │ qw │ 2023-04-10… │ │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ pending │ 159068 │ sge.copy_r… │ davised │ hqw │ 2023-04-11… │ │ 1 │ │ batch │
└──────┴─────────┴─────────┴─────────────┴────────────┴──────┴─────────────┴──────────────┴──────┴──────┴─────────┘
Check all jobs on the bpp queue:
$ hpcman queue stat -u '*' -q bpp
Job Status
┏━━━━━━┳━━━━━━━━━┳━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━┳━━━━━━━━━┓
┃ type ┃ state ┃ runid ┃ runname ┃ user ┃ code ┃ time ┃ queue@host ┃ cpus ┃ task ┃ jobtype ┃
┡━━━━━━╇━━━━━━━━━╇━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━╇━━━━━━━━━┩
│ SGE │ running │ 158824 │ QRLOGIN │ elserj │ r │ 2023-04-10T1… │ bpp@anduin │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158905 │ QRLOGIN │ alcalabr │ r │ 2023-04-10T1… │ bpp@anduin │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158871 │ cerebro_Slo… │ longwayl │ r │ 2023-04-10T1… │ bpp@cerebro │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 121413 │ dnov_0 │ stairsb │ dt │ 2023-04-11T0… │ bpp@selway │ 8 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 146792 │ tarlog │ spatafoj │ r │ 2023-03-28T1… │ bpp@symbios… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ running │ 158872 │ symbiosis_S… │ longwayl │ r │ 2023-04-10T1… │ bpp@symbios… │ 1 │ │ batch │
│ SGE │ pending │ 75673 │ sge.fasterq… │ fliegh │ qw │ 2023-01-10T1… │ │ 6 │ │ batch │
│ SGE │ pending │ 137025 │ assembly.out │ syringk │ Eqw │ 2023-03-08T1… │ │ 8 │ │ batch │
└──────┴─────────┴────────┴──────────────┴──────────┴──────┴───────────────┴──────────────┴──────┴──────┴─────────┘
Watch your currently running jobs (updates every 2s):
Tip
Use the --watch flag with your hpcman queue submit commands to watch for changes in their status
Implementation
Output of the qstat -xml (for SGE) and squeue -json (for Slurm) are parsed, and the results are shown together in a
single table for easy viewing. Results are displayed in a table generated using rich, unless the STDOUT is
redirected.